Tom Johnson est né dans le Colorado en 1939. Il a étudié à l'université de Yale et, en privé, avec Morton Feldman. Après 15 ans à New York, il s'installe à Paris, où il habite depuis 1983.

Tom Johnson est généralement considéré comme un minimaliste, puisqu'il travaille avec du matériel toujours réduit, en procédant toutefois de manière nettement plus logique que la plupart des autres minimalistes, ce qui se traduit par un emploi fréquent de formules, de permutations et de séquences prévisibles.

Tom Johnson est connu surtout pour ses opéras. Depuis 25 ans on présente régulièrement L'Opéra de quatre notes. Riemannoper (1988) a été mis en scène plus de 20 fois depuis sa création à Brème en 1988. Parmi ses œuvres non-opératiques, qui sont jouées souvent, on peut compter les Histoires à dormir debout, les Rational Mélodies, La Musique et les questions, les Duos à compter, le Tango, Les Vaches de Narayana, et Echec : une pièce très difficile pour contrebasse.

L'oeuvre la plus importante, le Bonhoeffer Oratorium, pour orchestre, chœur, et solistes, avec textes du théologien Dietrich Bonhoeffer, a été créée par l'orchestre et chœur de la radio hollandaise à Maastricht en 1996, et a été présenté aussi à Berlin et à New York.

Tom Johnson a également écrit de nombreuses oeuvres radiophoniques, telles que J'entends un chœur (pièce radiophonique commandée par Radio France pour le prix Italia en 1993), Music and Questions (diffusé aussi comme CD par le Australian Broadcasting Company), et Die Melodiemaschinen commandé par WDR Köln, qui l'a diffusée en Janvier 1996.
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Les enregistrements principaux disponibles aujourd'hui sont les CDs Musique pour 88 (XI,1992), Rational Mélodies (Hat Art, 1993), et le Chord Catalogue (XI, 1999)

The Voice of New Music, une anthologie d'articles écris pour le Village Voice (1972-1982) a été publié par Apollohuis.

Self-Similar Mélodies, un texte théorique en anglais a été édité en 1996 par les Editions 75.
Tom Johnson a reçu le prix des Victoires de la musique 2000 pour "Kientzy Loops".